农超对接的主要挑战是传统小农的生产技术和经营意识与现代零售业产品标准的矛盾，同时，在实施农业大的对接的同时，仍有许多超市和合作社反映出经济效益不高。专家指出，采摘机等农机能效果优良地解决农产品标准化问题。
农超对接"的主要挑战是传统小农的生产技术和经营意识与现代零售业产品标准的矛盾。
如果农产品不合格率低于3%，超市一般是可以接受的，但如果不合格率是4%≤10%，那么就会出现回报现象。当不合格率超过10%时，大多数超市都会拒绝接受。如果一辆汽车被拒收，这很可能导致农民全年利润的崩溃，今年的做法将徒劳无功。
选果机制造商认为，我国农产品标准化程度仍然很低，大多数农民仍然采用传统的生产方式，不能适应和满足超市的现代采购标准，迫切需要改进农产品的标准化、标准化和包装，此外，在冷链物流方面，我国现有的设施远远不能满足实际需要，导致长距离运输叶菜仍然是一个难题。
选择果机厂商分析经营工厂投资，是硬件，做农业大的对接也要投资，是软件，做农业大的对接一开始可能要赔钱。"提高农业标准化水平是政府、合作社和超市共同解决的问题。除了需要政府在资金、人才、培训等方面给予合作社支持外，还需要提高设备和技术水平。同时，双方还应树立双赢合作的理念，超市将合作作为长期稳定的供应基地，合作社作为以超市为导向的商店，双方建立长期合作伙伴而不是锤子关系；此外，保持超市与合作社之间的密切交流也有利于及时发现和解决存在的问题。
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